Kurumlar arası iş birliği protokolü, iki veya daha fazla kurum, kuruluş, gerçek veya tüzel kişi arasında belirlenen bir amaç kapsamında hedeflere ulaşmak için yapılan ortak çalışmayı düzenleyen temel kurallar bütünüdür. Bu protokolde tarafların görev ve sorumlulukları, iş birliğinin her yönü, tarafların yükümlülükleri, süre, uyuşmazlık çözümü, fesih koşulları gibi detaylar yer almalıdır. Kurumlar arası iş birliği protokollerine örnek olarak, Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı tarafından yapılan veri paylaşım protokolleri ve üniversitelerin diğer kurum ve kuruluşlarla gerçekleştirdiği iş birliği protokolleri gösterilebilir.