İstanbul Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği İl Müdürlüğü'nde aşağıdaki birimler bulunmaktadır: 1. Afet Koordinasyon ve İskan Şube Müdürlüğü. 2. ÇED Şube Müdürlüğü. 3. Çevre Denetimi Şube Müdürlüğü. 4. Çevre İzinleri Şube Müdürlüğü. 5. Çevre Yönetimi Şube Müdürlüğü. 6. İstanbul Çölleşme ve Erozyonla Mücadele Şubesi. 7. Destek Hizmetleri Şube Müdürlüğü. 8. İmar ve Planlama Şube Müdürlüğü. 9. Kooperatif İşlerinden Sorumlu Şube Müdürlüğü. 10. Taşınır ve Tasfiye Şube Müdürlüğü. 11. Bilgi Teknolojileri Şube Müdürlüğü. 12. Yerel Yönetimler Şube Müdürlüğü. Ayrıca, Milli Emlak Müdürlükleri de bu müdürlüğe bağlıdır.