Vakıflar Genel Müdürlüğünde aşağıdaki ana hizmet birimleri bulunmaktadır: 1. Vakıf Hizmetleri Daire Başkanlığı. 2. Hayır Hizmetleri Daire Başkanlığı. 3. Sanat Eserleri ve Yapı İşleri Daire Başkanlığı. 4. Yatırım ve Emlak Daire Başkanlığı. 5. Sağlık Hizmetleri Daire Başkanlığı. 6. Kültür ve Tescil Daire Başkanlığı. 7. Dış İlişkiler Daire Başkanlığı.