Vakıflar Genel Müdürlüğü'nde bulunan bazı birimler şunlardır: Ana hizmet birimleri: Vakıf Hizmetleri Daire Başkanlığı; Hayır Hizmetleri Daire Başkanlığı; Sanat Eserleri ve Yapı İşleri Daire Başkanlığı; Yatırım ve Emlak Daire Başkanlığı; Sağlık Hizmetleri Daire Başkanlığı; Kültür ve Tescil Daire Başkanlığı; Dış İlişkiler Daire Başkanlığı. Danışma ve denetim birimleri: Rehberlik ve Teftiş Başkanlığı; Hukuk Müşavirliği. Yardımcı hizmet birimleri: Genel Evrak ve Arşiv Müdürlüğü; İdari ve Sosyal İşler Müdürlüğü. Ayrıca, taşra teşkilatı olarak bölge müdürlükleri bulunmaktadır.