Harp okullarının Milli Savunma Üniversitesi'ne (MSÜ) bağlanmasının nedeni, Türk askeri eğitim-öğretim sisteminin yeniden yapılandırılmasıdır. Bu yapılandırma, 9 Kasım 2016 tarihli 6756 sayılı kanun ile gerçekleştirilmiş ve akabinde Bakanlar Kurulu'nun 14 Kasım 2016 tarihli 2016/9522 sayılı kararı ile harp okulları MSÜ'nün kuruluşuna dahil edilmiştir.