2010 yılında Hakan Fidan, Millî İstihbarat Teşkilatı (MİT) Müsteşar Yardımcılığı görevine atandı. Aynı yıl, Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine getirildi. Ayrıca, Başbakanlık Dış Politika Başdanışmanı Prof. Dr. Ahmet Davutoğlu'na bölgesel temaslarda eşlik etti.