Gürbüz Çapan, belediye başkanlığı dönemindeki yolsuzluk iddiaları nedeniyle hapse girmiştir .
"Suç işlemek amacıyla örgüt kurmak ve rüşvet almak" suçundan 5 yıl hapis cezasına çarptırılmıştır . Ayrıca, "ihaleye fesat karıştırmak" suçundan açılan dava, zaman aşımı nedeniyle ortadan kaldırılmıştır .
Çapan, 2008 yılında Ergenekon soruşturması kapsamında da tutuklanmış, ancak yargılamanın yenilenmesiyle bu davadan beraat etmiştir .