Fahrettin Koca, çeşitli nedenlerle eleştirilmektedir: 1. Şehir Hastaneleri Yatırımları: Koca'nın döneminde şehir hastaneleri için müteahhitlere aktarılan paraların kamuda kalması ve bu durumun hükümet üzerindeki müteahhitlerin tepkisini çekmesi eleştirilmiştir. 2. Mülakat Sistemi: Koca döneminde mülakat ile personel alımının engellenmesi ve bu durumun AK Parti'nin adam kayırmacılığını engellediği için eleştirilmesi öne çıkmıştır. 3. "Yenidoğan Çetesi" Skandalı: Koca'nın, bebek acil hastalarını özel hastanelere sevk ederek haksız kazanç sağlayan "Yenidoğan Çetesi" skandalına yönelik yeterli açıklamayı yapmaması da eleştirilere yol açmıştır.