Endonezya, başkanlık sistemli üniter cumhuriyet ile yönetilen bir ülkedir. Yönetim şekli şu şekilde özetlenebilir: Cumhurbaşkanı ve Cumhurbaşkanı Yardımcısı: 5 yıllık bir süre için halk oylamasıyla seçilir ve en fazla iki dönem görev yapabilirler. Yasama organı: İki kamaralı Halkın Danışma Meclisi'nden (MPR) oluşur. Yürütme: Cumhurbaşkanı, yürütmenin başıdır ve bakanları doğrudan atama veya azletme yetkisine sahiptir. Yerel yönetimler: 38 eyaletten oluşur ve bazı eyaletler özel otonomi statüsüne sahiptir. Endonezya Anayasası, ibadet özgürlüğünü güvence altına alır ancak devlet ideolojisi tek Tanrı inancına dayanır.