Sonic 3 oyununun iptal edilmesinin başlıca nedeni, müzik hakları konusundaki yasal sorunlardır. Oyunun müziklerinin bir kısmının veya tamamının Michael Jackson'a ait olduğu iddiaları bulunmakla birlikte, Sega bu iddiaları hiçbir zaman resmi olarak doğrulamamıştır. Jackson'ın müzik haklarının mirasçıları ile lisans anlaşmaları yapmak, orijinal müziği kullanmak için gerekli izinleri almak oldukça pahalı ve karmaşıktır. Ayrıca, 2011 yılında, oyunun Brad Buxer'a ait müziklerin izinsiz kullanımı nedeniyle PlayStation Store, Nintendo eShop ve SEGA mağazasından kaldırılması da Sonic 3'ün yeniden yayınlanmasını zorlaştıran bir faktör olmuştur.