Sonic 3 oyununun iptal edilmesinin başlıca nedeni, müzik hakları konusundaki yasal sorunlardır 24.

Oyunun müziklerinin bir kısmının veya tamamının Michael Jackson'a ait olduğu iddiaları bulunmakla birlikte, Sega bu iddiaları hiçbir zaman resmi olarak doğrulamamıştır 24. Ancak, birçok kaynak ve projeye dahil olan müzisyenler, Jackson'ın oyunun müziklerine katkıda bulunduğunu belirtmektedir 4. Jackson'ın, kredilerinin oyundan çıkarılması talebi üzerine, bazı besteleri Sega'nın kendi bestecilerinin eserleriyle değiştirilmiştir 4.

Jackson'ın müzik haklarının mirasçıları ile lisans anlaşmaları yapmak, orijinal müziği kullanmak için gerekli izinleri almak oldukça pahalı ve karmaşıktır 4. Bu nedenle, Sega'nın bu süreci ekonomik olarak zorlayıcı bulması ve retro yeniden yayınların nispeten daha küçük pazarı göz önüne alındığında, bu hakları elde etmeye değmemesi mümkündür 4.

Ayrıca, 2011 yılında, oyunun Brad Buxer'a ait müziklerin izinsiz kullanımı nedeniyle PlayStation Store, Nintendo eShop ve SEGA mağazasından kaldırılması da Sonic 3'ün yeniden yayınlanmasını zorlaştıran bir faktör olmuştur 5.