Hayır, Denizcilik Bakanlığı ve Denizcilik Müsteşarlığı aynı değildir. Denizcilik Müsteşarlığı, 1993 yılında 491 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuş ve denizcilik faaliyetlerini düzenlemek, deniz ulaştırması hizmetlerini tek elde toplamak amacıyla faaliyet göstermiştir. Denizcilik Bakanlığı ise, 2011 yılında 655 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kaldırılmış ve görevleri Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı bünyesinde devam ettirilmiştir. Günümüzde denizcilikle ilgili görevler, Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı'na bağlı Deniz ve İçsular Düzenleme Genel Müdürlüğü, Deniz Ticareti Genel Müdürlüğü ve Tersaneler ve Kıyı Yapıları Genel Müdürlüğü gibi birimler tarafından yürütülmektedir.