Deniz Kuvvetleri Komutanı'nın istifa etme nedenleri arasında birkaç farklı durum bulunmaktadır: 1. Cihat Yaycı Örneği: Tümamiral Cihat Yaycı, 2020 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanlığı görevinden, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından Genelkurmay Başkanlığı emrine atanması nedeniyle istifa etmiştir. 2. Veysel Kösele Örneği: 2017 yılında yapılan Yüksek Askeri Şura (YAŞ) kararları sonrası Koramiral Adnan Özbal'ın Deniz Kuvvetleri Komutanı olması, kendisinden düşük rütbedeki komutanın emrine girmek istemeyen Veysel Kösele'nin istifa etmesine yol açmıştır. 3. Kay-Achim Schönbach Örneği: Almanya'da Deniz Kuvvetleri Komutanı olan Koramiral Kay-Achim Schönbach, Rusya Devlet Başkanı Vladimir Putin'i övdüğü için gelen tepkiler sonrası görevinden istifa etmiştir.