Yörük Ali Efe ve Demirci Mehmet Efe'nin ayrılmasının başlıca nedenleri şunlardır: Yetki çatışması: 1919 Ağustos ayının ilk haftasında, Nazilli ileri gelenleri, Demirci Mehmet Efe'ye, "Aydın Mıntıkası Kumandanı" mührü, Yörük Ali Efe'ye ise "Cenubi Aydın Mıntıkası Kumandanı" ve "Aydın Zeybek Ordusu Kumandanı" mühürleri teslim etmişlerdir. Rekabet ve kıskançlık: Her iki efenin de maiyetinde yüzlerce zeybek ve kızan bulunması, bu grupların iaşesinin Heyeti Merkeziye ve Milliyelerin omuzlarına ağır bir yük olması, rekabet ve kıskançlığı artırmıştır. Olumsuz davranışlar: Demirci Mehmet Efe'nin adamlarının uygunsuz ve çapulcu davranışları, özellikle Denizli'deki olaylar, Yörük Ali Efe'nin harekete geçmesine neden olmuştur. Bu anlaşmazlıklar, bazen cepheyi sarsacak kadar tehlikeli durumlara yol açmıştır.