Bozcaada Kalesi'nin hikayesi şu şekilde özetlenebilir: Bozcaada Kalesi'nin ilk olarak ne zaman ve kimler tarafından yapıldığı tam olarak bilinmemektedir. Fenikeliler, Cenevizler ve Venediklilerin kullandığı bu kale, II. Mehmed döneminde var olan kalıntılar üzerine tekrar inşa edilmesiyle bugünkü halini almıştır. 1657 yılında ada Venediklilerden geri alındığında kale yine önemli bir onarım görmüştür. En önemli tamiri ise II. Mahmut tarafından 1815 yılında yaptırılmış, adeta kale yeniden yaptırılmıştır. Kale, Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından 1965-1970 yılları arasında ve en son 1996 yılında restore edilerek koruma altına alınmıştır. Bozcaada Kalesi'nin hikayesine ilişkin bir başka kaynakta ise şu bilgiler yer almaktadır: 1455'te Fatih Sultan Mehmet, Hamza Bey komutasındaki 80 gemi ve 18 bin askerle Bozcaada'yı fethederek kaleyi yeniden inşa ettirmiş ve limanı Osmanlı donanmasının önemli üslerinden biri hâline getirmiştir. Böylece Bozcaada, Osmanlı'nın Ege'deki ilk adası olmuş; kale de denizlerdeki hâkimiyetin simgesi hâline gelmiştir. Bozcaada Kalesi'nin hikayesine ilişkin farklı yorumlar da bulunabilir.