Barış Pehlivan'a çeşitli nedenlerle cezalar verilmiştir: 1. Ergenekon/OdaTV Davası: 2011 yılında Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanmış ve 19 ay Silivri Cezaevi'nde kalmıştır. 2. MİT Mensubu Haberi: 2020 yılında bir MİT mensubunun cenaze haberine ilişkin soruşturma kapsamında tekrar tutuklanmış, altı ay tutuklu kaldıktan sonra tahliye edilmiştir. 3. Bilirkişi Soruşturması: 27 Ocak 2025 tarihinde, İBB Başkanı Ekrem İmamoğlu'nun açıkladığı savcılığın bilirkişisiyle yaptığı telefon görüşmesinin ses kaydını yayınladığı için hakkında soruşturma açılmıştır.