Balyoz davasında toplam 365 kişi tutuklandı. İlk tutuklamalar 26 Şubat-2 Mart 2010 tarihleri arasında gerçekleşti. Dava sürecinde, yeni belgelerin ele geçirilmesi ve soruşturmaların derinleşmesiyle birlikte, bazı sanıklar hakkında yeniden tutuklama kararları verildi. 20 Eylül 2012'de verilen kararda, tutuklu sanıklardan 325'i hakkında ceza kararı verildi. 2014 yılında İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi, 234 subayın tahliye edilerek yeniden yargılanmasına karar verdi. 2023 yılında 6 kişiye hapis cezası kararı verildi. 4 gün sonra, 13 ilde 1'i emekli 17'si muvazzaf 18 asker daha gözaltına alındı. 2025 yılı itibarıyla, Balyoz davası kapsamında tutuklu bulunan kişi sayısı hakkında güncel bir bilgi mevcut değildir.