Bağımsız Diyanet-Sen, herhangi bir sendikaya bağlı değildir. Bağımsız Diyanet-Sen, Bağımsız Diyanet ve Vakıf Çalışanları Sendikası olarak bilinen ve 5 Nisan 2005 tarihinde Diyanet İşleri Başkanlığında aktif faaliyet gösteren dördüncü sendika olarak kurulmuştur .