Vergi dairesi müdürlüğünü belirleme yetkisi, ilçe düzeyinde malmüdürü, il düzeyinde ise vergi dairesi başkanına aittir. Malmüdürü, bağlı vergi dairesinde görev yapacak şeflerin görevlendirilecekleri servisleri belirler ve gerektiğinde bu görevlendirmeleri değiştirebilir. Vergi dairesi başkanı, vergi dairesi müdür yardımcısı ve şeflerin görevlendirilecekleri bölümleri belirler ve gerektiğinde bu görevlendirmeleri değiştirebilir.