Porsuk Çayı'nın kirli olmasının birkaç nedeni vardır: 1. Sanayi ve Evsel Atıklar: Kütahya ve Eskişehir illerinde bulunan sanayi tesisleri ve evsel atıklar, çayın su kalitesini düşürmektedir. 2. Tarımsal Faaliyetler: Sulama amaçlı kullanılan gübrelerden gelen azot ve fosfor gibi elementler, çayda kirliliğe yol açmaktadır. 3. Taşkın ve Sediment Birikimi: Porsuk Barajı'nın yapımından sonra, yatağında biriken çamurlar (sedimentler) taşkın riskini artırmaktadır. 4. Bilinçsiz Çöp Atma: Çay yatağına atılan çöpler, görüntü ve koku kirliliğine neden olmaktadır.