Nil Nehri'nin en uzun kolu Mavi Nil'dir. Mavi Nil, Etiyopya'nın orta kesiminde doğar ve yaklaşık 2.800 kilometrelik bir yolculuk yaparak Sudan'dan geçer ve Beyaz Nil ile Hartum yakınlarında birleşir. Beyaz Nil ise 3.700 kilometrelik bir mesafe kat ederek Uganda'dan geçer ve Sudan sınırlarına ulaşır. Atbera Nehri ise Nil'in son büyük koludur ve Hartum'un kuzeydoğusunda doğu kıyısından alınır.