Marmara Denizi, çeşitli nedenlerle tehlikeli olarak değerlendirilmektedir: 1. Kirlilik: Marmara Denizi, yoğun nüfus ve sanayi faaliyetleri nedeniyle ciddi kirlilik sorunlarıyla karşı karşıyadır. 2. Oksijensizleşme: Deniz suyunun sıcaklığının artması ve kirliliğin artması, denizdeki oksijenin azalmasına yol açmaktadır. Bu durum, deniz canlılarının yaşamını tehdit etmektedir. 3. Müsilaj: Geçmişte yaşanan müsilaj olayları, denizdeki biyoçeşitliliği azaltmış ve su kalitesini düşürmüştür. Müsilajın tekrar ortaya çıkma olasılığı, deniz için büyük bir risk oluşturmaktadır. 4. İstilacı türler: Marmara Denizi'nde görülen istilacı denizanaları gibi türler, ekosistem dengesini bozmakta ve balık popülasyonlarını azaltmaktadır.