Şempanzeler, genetik farklılıklar ve yaşam alanı seçimleri gibi nedenlerle iki ana gruba ayrılır. Bu gruplar: 1. Pan troglodytes (Bayağı şempanze). 2. Pan paniscus (Bonobo). Ayrılmanın bazı nedenleri: Yaşam alanı: Bayağı şempanzeler Afrika'nın batı ve orta bölgelerinde, bonobolar ise Kongo Nehri'nin güneyindeki ormanlarda yaşar. Fiziksel özellikler ve fenotipik farklılıklar: Bu iki tür arasında fizyolojik ve morfolojik farklılıklar bulunmaktadır. Sosyal ve davranışsal özellikler: Bonobolar daha eşitlikçi, şiddetten uzak ve cinsel açıdan yenilikçi davranışlar sergilerken, bayağı şempanzeler daha karmaşık sosyal ilişkilere ve toplu avlanma etkinliklerine sahiptir.