Küçükçekmece Gölü'nün kirli olmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Evsel ve kimyasal atıklar: Gölü besleyen Eşkinoz ve Nakkaş dereleri, evsel ve kimyasal atıkları göle taşımaktadır. 2. Alg patlaması: Fosfor ve azot gibi besin elementlerinin bol olduğu bölgelerde, fitoplankton adı verilen mikroskobik canlıların hızla çoğalması sonucu alg patlaması yaşanmaktadır. 3. Oksijen yetersizliği: Gölde oksijen seviyesi derinlik arttıkça sıfıra inmekte, bu da ekosistemin tehdit altında olmasına neden olmaktadır.