İncir sinekleri, özellikle incir siyah sineği (Bactrocera oleae), kanlı balsıra (Ceroplastes rusci) ve ekşilik böcekleri (sirke sinekleri) gibi zararlılar, incir ağaçlarında çeşitli sorunlara yol açar. İncir siyah sineği, yumurtalarını incir meyvelerinin alt kısmına bırakır ve larvalar meyve içinde galeriler açarak zarar verir. Kanlı balsıra, hücre özsuyunu emerek ağaçların zayıf düşmesine ve verim kaybına yol açar. Ekşilik böcekleri ve sirke sinekleri, incirde mayalanmaya neden olarak meyve etinin pembe renk alıp sulu hale gelmesine ve ekşi bir koku yayılmasına yol açar. Bu zararlılarla mücadelede kültürel ve kimyasal yöntemler kullanılır.