Harpia kartalı, habitat kaybı, avcılık ve iklim değişikliği nedeniyle popülasyonunda azalma yaşamıştır. Habitat kaybı: Tropikal yağmur ormanlarının ormansızlaşması, kartalın yaşam alanını daraltmıştır. Avcılık: Yerel halk tarafından avlanması da türün yok oluşunu hızlandırmıştır. İklim değişikliği: İklim değişikliği, kartalın yaşam koşullarını olumsuz etkilemiştir. Uluslararası Doğayı Koruma Birliği (IUCN), Harpi kartalını “yakın tehdit altında” kategorisinde sınıflandırmaktadır.