Ağaçların en çok sevdiği gübre, organik gübrelerdir. Organik gübreler, doğrudan bitkilerden veya hayvanlardan elde edilen maddelerden yapılır. Ayrıca, meyve ağaçları yüksek konsantrasyonda azot içeren gübreleri sever. Gübre seçimi, fidanın türüne, yaşına, toprak yapısına ve iklim koşullarına göre yapılmalıdır. En doğru gübre seçimi için bir uzmana danışılması önerilir.