Çal Mağarası'nın bazı tehlikeleri şunlardır: Giriş yolu: Mağaranın girişi dar ve dik bir patikadan oluşur, bu nedenle dikkatli olunmalı ve uygun ayakkabı giyilmelidir. Hava koşulları: Mağaranın içindeki hava sıcaklığı, dış hava sıcaklığından daha düşüktür, bu yüzden sıcak giysiler giyilmelidir. Solunum hastalıkları: Mağaranın içindeki hava, dış havaya göre daha düşük sıcaklıkta ve daha yüksek nemdedir, bu durum solunum yolu enfeksiyonlarına ve alerjik reaksiyonlara neden olabilir. Doğal oluşumlar: Mağaranın içindeki dikit ve buzul taşların oluşturduğu doğal hava, solunum hastalığı olan kişiler için sorun oluşturabilir. Yol durumu: Mağaranın bulunduğu yol, özellikle bazı bölümlerinde bozuk veya daralmış olabilir. Ayrıca, 2002 yılında mağara içindeki tahta yürüyüş yolunda meydana gelen hasarlar nedeniyle bir süre ziyaretçi kabul edilmemiştir.