Botan Vadisi Milli Parkı'nda yaban domuzu, ayı, geyik, karaca, tavşan, tilki, kurt ve çakal gibi memeli hayvan türleri yaşamaktadır 1. Ayrıca, akbaba, kartal, çaylak, atmaca, kız kuşu, leylek, toygar ve sığırcık gibi birçok kuş türü de parkta görülmektedir 1.

Sürüngenler arasında yılanlar, kertenkeleler, kaplumbağalar ve iguanalar, amfibiler arasında ise semender, kurbağa ve su yılanı gibi türler bulunmaktadır 1.

Botan Vadisi, zengin bir fauna türüne sahip olup, bu hayvanların yanı sıra daha birçok farklı türü barındırmaktadır 2.