Aral Gölü'nün suyu, Ceyhun (Amuderya) ve Seyhun (Siri Derya) nehirlerinden gelmektedir . Ayrıca, etrafındaki yüksek dağların su kaynakları da göle katkı sağlar .
Ancak, Sovyetler Birliği döneminde bu nehirlerin sularının büyük kısmının pamuk ve pirinç tarlalarına akıtılması, Aral Gölü'nün kurumasına yol açmıştır .