Anadolu Kırmızısı ineğin neden yok olduğuna dair kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, bu durumun bazı nedenleri şunlar olabilir:
- Modern hibrit ırkların yaygınlaşması .
- Geleneksel yetiştiriciliğin azalması .
- Yeterli destek ve teşvik eksikliği .
- 2008'de çiğ süt fiyatının düşürülmesi sonucunda başlayan kriz nedeniyle bir milyon baş verimli süt ineğinin kesilmesi .
Ancak, Tarım ve Orman Bakanlığı'nın yerli ırkları koruma programı kapsamında, Anadolu Kırmızısı ineği için özel yetiştirme projeleri yürütülmektedir .