Akvaryum temizleme motoru, su içerisindeki kir, balık dışkısı, yem artıkları ve diğer atıkları filtreleyerek ortamın temiz kalmasını sağlar. Başlıca işlevleri: Su temizliği: Suyu sürekli devirdaim ederek tortu ve partikülleri alır. Oksijen seviyesi düzenleme: Suda dalgalanmalar oluşturarak doğal bir sirkülasyon ve oksijen seviyesi artışı sağlar. Biyolojik denge: Biyolojik filtreleme ile amonyak ve nitritin nitrata dönüşmesine katkıda bulunur. Bu motorlar, sadece temizlik amacıyla değil, aynı zamanda akvaryumdaki balıkların sağlığı için de gereklidir.