Mikroorganizmalar hem faydalı hem de zararlı olabilir. Faydalı mikroorganizmalar: Çevreyi temizler ve toprağı zenginleştirir. Sindirime yardımcı olur. Fermantasyon süreçlerinde rol alır (yoğurt, peynir, sirke üretimi gibi). Hastalıkları kontrol eder, patojenleri baskılayarak doğal bir savunma mekanizması oluşturur. Zararlı mikroorganizmalar (patojenler): Hastalık yapar, insanları, bitkileri ve hayvanları etkiler. Gıdaların bozulmasına neden olur, ekonomik kayıplara yol açar. Dolayısıyla, mikroorganizmaları faydalı veya zararlı olarak sınıflandırmak mümkün değildir; çünkü onların etkisi, çevresel şartlara, çoğalma oranlarına ve bulundukları ortama bağlı olarak değişebilir.