Yu-Gi-Oh! ilk sezonu, Yugi Mutou ve arkadaşlarının Duelist Kingdom turnuvasına katılmalarını ve burada Pegasus J. Crawford'un elinden büyükbabalarının ruhunu kurtarmak için verdikleri mücadeleyi anlatır. Hikaye, Yugi'nin bir bulmaca sayesinde kadim bir firavunun ruhunu elde etmesiyle başlar. İlk sezon, 224 bölümden oluşur ve 29 Eylül 2004'te son bölümünü yayınlar. Ayrıca, ilk sezonun bazı bölümleri şunlardır: "Journey to the Duelist Kingdom" (Duelist Kingdom'a Yolculuk); "Duel Identity, Part 1" (Düello Kimliği, 1. Kısım).