"Yu-Gi-Oh! The Dark Side of Dimensions" filmi, Yu-Gi-Oh! serisinin orijinal hikayesine bir devam niteliği taşır. Filmin konusu: - Seto Kaiba, Pharaoh Atem'in ruhunu barındıran Millennium Puzzle'ın parçalarını bulmak için Mısır'da kazı yapar. - Yugi Muto ve arkadaşları, son sınıf öğrencileri olarak geleceklerini planlarlar, ancak Aigami adlı gizemli bir düşmanın ortaya çıkmasıyla planları altüst olur. - Aigami, gerçekliği kendi isteğine göre bükebilen ve diğer Plana kullanıcılarıyla birlikte, Atem'in geri dönmesi durumunda güçlerini kaybedecekleri için ona karşı intikam planları yapar. - Yugi, hem Aigami hem de Kaiba ile düello yapar ve onlara, kendi arayışlarının sadece kendilerini tüketeceğini söyler. Film, Yugi'nin Atem ile olan dostluğunu ve Kaiba ile olan ezeli rekabetini sonlandırarak, orijinal Yu-Gi-Oh! destanına bir kapanış getirir.