Yu-Gi-Oh! Işık Piramidi (Pyramid of Light), eski bir kötü ruh olan Anubis'in uyanması ve dünyayı ele geçirme planları etrafında dönen bir hikayeyi anlatıyor. Olayların gelişimi şu şekilde özetlenebilir: 1. Anubis'in Uyanışı: Yüzyıllar önce Yugi tarafından yenilen Anubis, Mısır'ın kumlarının altından çıkar. 2. Yugi'nin Mücadelesi: Yugi, becerisini ve kararlılığını kullanarak Anubis'i bir kez daha yenmek zorundadır. 3. Kaiba'nın Rolü: Yugi'nin eski rakibi Seto Kaiba, Yugi ile karşılaşmak için fırsat kollamaktadır. 4. Tanrı Kartları: Kaiba, Pegasus'un Tanrı kartlarını yenebilmek için başka kartlar yarattığını düşünmektedir. 5. Anubis'in İntikamı: Ancak bu kartlardan birine Anubis de sızmıştır ve tek amacı Yugi'den intikam almak ve dünyayı ele geçirmektir.