Yıldız Geçidi: Atlantis, bilinmeyen bir evrende keşif yapmak için dünyadan gönderilen gizli bir ekibin yaşadıklarını konu eder. Dizi, Kadimler tarafından milyonlarca yıl önce inşa edilen ve Pegasus Galaksisi'nde yer alan gelişmiş bir Kadim yapısı olan Atlantis şehrinin keşfini ve bu şehirde yaşanan maceraları anlatır. Bir grup bilim insanı, Antarktika'da Atlantis'e ait olduğu düşünülen terk edilmiş bir üs bulur. Ekip, Dünya'ya dönmenin bir yolunu bulana kadar Atlantis’e yerleşmek zorunda kalır. Wraith’ların ortaya çıkmasıyla birlikte Pegasus Galaksisi’nde bir dehşet başlar ve bu durum Samanyolu Galaksisi’ni de etkiler. Dizi, 5 sezon ve 99 bölümden oluşmaktadır.