"Wayward Pines" dizisinin konusu, Blake Crouch'un romanına dayanarak, bir Gizli Servis ajanının Idaho'daki gizemli bir kasaba olan Wayward Pines'ta iki kayıp federal ajanı bulma görevini üstlenmesiyle gelişir. Ajan, kasabaya geldikten sonra dış dünyayla iletişim kuramadığını ve buradan çıkamayacağını fark eder. Ajan, karısıyla oğlunu yeniden bir araya getirirken, aynı zamanda Wayward Pines'ın gerçeğini de ortaya çıkarmaya çalışır.