Uzay 1999, Ay'da kurulu olan Ay Üssü Alfa'nın sakinlerinin, Ay'ın Dünya'nın yörüngesinden koparak uzayda başıboş dolaşmaya başlamasının ardından yaşadıkları maceraları anlatır. Hikaye, 1999 yılı civarında, yani günümüzden 20-25 yıl sonrasında geçer. Dizinin temel konusu şu şekilde özetlenebilir: Nükleer Patlama: Ay'da depolanmış dünya kaynaklı nükleer atıkların yol açtığı zincirleme patlamalar, Ay'ın Dünya yörüngesinden kopmasına neden olur. Uzay Yolculuğu: Ay Üssü Alfa'nın sakinleri, uzay gezginleri haline gelir. Macera: Yolculuk sırasında çeşitli dünya dışı yaşam biçimleriyle karşılaşırlar ve tehlikelerle yüzleşirler.