Transformers: Prime 2. bölümde Optimus Prime, hafızasını kaybetmiş olan Orion Pax olarak tanıtıldığı için Megatron tarafından kontrol edilmektedir. Autobot ekibi, kayıp liderlerini geri kazanmak ve dünyayı Decepticon saldırılarından korumak için zorlu bir mücadeleye girişir. Bu bölümde yaşanan diğer önemli olaylar şunlardır: - Orion Pax, Kısım 2: Optimus, Megatron'un planlarını açığa çıkarırken, onu geri kazanmak için mücadele eder. - Operasyon: Bumblebee, Kısım 1: Bumblebee, Megatron'un tuzaklarına düşerek kaybolur ve Optimus Prime onu kurtarmak için harekete geçer.