Transformers: Ay'ın Karanlık Yüzü filmi, Autobotlar ve Decepticonlar arasındaki savaşın ilerlemesini konu alır 12.

Filmin özeti şu şekilde özetlenebilir:

Cybertron gezegeninde yaşanan savaştan sonra, Autobotların eski lideri Sentinel Prime'ın uzay aracı Ay'ın karanlık yüzüne düşer 12. İnsanoğlu, Ay'a ulaştığında Sentinel'in gemisini keşfeder 12.

Yıllar sonra, Autobot ekibi Ay'ın karanlık yüzüne iner ve Sentinel Prime ile birlikte kalan 5 kolonu dünyaya getirir 12. Optimus Matrix ile Sentinel'i yeniden hayata döndürürler 12.

İnsanoğlu, Decepticon saldırısından Sentinel'i korumaya çalışırken, onun Decepticonlar ile anlaşma yaptığını öğrenir ve Ironhide'ı öldürüp kaçar 12. Decepticonların elindeki kolonlar sayesinde Cybertron'u dünyaya getirmeye çalışır 12.

İnsanoğlu, tüm bu yıkımın suçlusu olarak Autobot'ları suçlar ve onları uzaya gönderir 12. Ancak, roketin içinde saklanan Autobot'lar planladıkları gibi tekrar dünyaya döner ve Chicago savaşında Decepticon'lara karşı savaşırlar 12.