"Tozkoparan İskender: Sır" dizisinin konusu, Tozkoparanların merkez üssü olan Tozkoparanlar Birliği'nin başına geçen Salih Usta ve aynı amaca baş koymuş geleceğin kemankeşlerinin, yüzyıllardır saklanan sırra ulaşmaya çalışan kötülerle olan savaşı etrafında dönmektedir. Dizinin sırrı, geçmişe gizlenen "Sırların Sırrı" olarak adlandırılmaktadır.