The Eminence in Shadow serisi, Cid Kagenou adlı karakterin hikayesini anlatır. Cid, modern Japonya'da sıradan bir hayat yaşayan, kendini büyük bir kahraman ya da kötü bir dahi olarak görmeyen ancak her şeyin arkasındaki gizli güç olmayı hayal eden biridir. Bir gün, bir kamyon kazası sonucu ölür ve kılıçların, baltaların ve büyünün hüküm sürdüğü fantastik bir dünyada yeniden doğar. Cid, örgütünü yönetirken, kendi yarattığı hikayelerin ve yalanların gerçek dünyayla nasıl örtüştüğünü görmekten keyif alır.