Colony 2. sezonunda Los Angeles'ın işgal altındaki dünyasında yaşanan olaylar ele alınmıştır. Öne çıkan olaylar: - 1. bölüm: Will ve Katie Bowman, ailelerini korumaya çalışırken zorlu bir kararla yüzleşirler. - 3. bölüm: Will, Maddie ve Broussard, Proxy Snyder'ın planlarını durdurmak için bir araya gelir. - 4. bölüm: Will ve Katie, direnişçi hareketin liderlerini bulmaya çalışırken, Broussard işbirlikçi bir grupla tehlikeli bir görev için yola çıkar. - 5. bölüm: Direnişçiler Los Angeles kolonisine bir saldırı düzenlerken, Will ve Katie, işbirliği yaparak ailelerini korumak için zorlu bir kararla yüzleşmek zorunda kalır. - 11. bölüm: Will ve Katie, bir saldırı sonrası yeni bir müttefik arayışında olduklarını fark ederler. - 13. bölüm: Will ve Katie, Seattle'a geri döner ve Broussard ile bir araya gelerek yeni bir düşmanla karşı karşıya gelirler.