Teşkilat dizisinin Ankara'da çekilen bölümleri, genellikle Keçiören, Akyurt, Altındağ, Polatlı, Gölbaşı ve Sincan gibi ilçelerde gerçekleştirilmiştir. Ankara'nın tarihi ve modern yapıları, dizinin çekimlerinde sıkça kullanılmaktadır. Ayrıca, dizinin bazı sahneleri İstanbul, Tokat ve Bosna Hersek gibi farklı yerlerde de çekilmektedir.