Stargate 2. sezon, farklı serilerde çeşitli hikayeler anlatıyor: Stargate SG-1: "The Gamekeeper" bölümünde, SG-1 ekibi, insanların sanal bir dünyada yaşadığı bir gezegene gider. "Need" bölümünde, Daniel, bir kadını intihardan kurtarır ve onun, halkını köleleştiren bir hükümdarın kızı olduğunu öğrenir. "A Matter of Time" bölümünde, SG-10, bir kara deliğin yakınında mahsur kalır ve zaman dilasyonu ile mücadele eder. Stargate Atlantis: "Duet" bölümünde, Sheppard'ın ekibi, yüksek radyasyonlu bir gezegende Teğmen Ford'u bulmaya çalışır. "Dawn" bölümünde, Sheppard, zamanın daha hızlı aktığı bir dünyada mahsur kalır. Stargate Universe: 2. sezon, Antiklerin Destiny'i neden binlerce yıl önce fırlattığını açıklayan yeni mitolojik bilgiler sunar. Uzay savaşları ve antik üslerin keşfi gibi temalar işlenir.