Şrek 3 filmi, Shrek ve Fiona'nın krallığın yönetiminde yaşadığı zorlukları ve bunun getirdiği sorumlulukları anlatıyor. Filmin konusu özetle şu şekildedir: Kral Harold hastalandığından taht için varis gerekmektedir. Bu konuyla ilgili olarak Eşek ile Çizmeli Kedi'yi görevlendirir, taht için en doğru vâris olarak gördüğü kişiyi gözüne kestirir. Öte yandan çok uzaklarda Fiona'yı bir zamanlar yüzüstü bırakıp giden eski nişanlısı Prens Yakışıklı, tahtı ele geçirmek için peri masallarından topladığı kötü adamlar ordusuyla kenti birbirine katar.