Shōgun 1. sezon, 17. yüzyılda Japonya'da geçen tarihi bir dramayı anlatıyor. Hikaye, bir gemi kazası sonucu Japonya'da bulunan İngiliz denizci John Blackthorne'un etrafında dönüyor. Bu alışılmadık ortama uyum sağlamaya çalışan denizcinin yolu, samuray Leydi Mariko ile kesişir ve ikili, çatışmalarla dolu bir hayata adım atarlar.