Scooby-Doo! Mystery Incorporated 2. sezonunda şu olaylar yaşandı: 1. Crybaby Clown'un Dönüşü: Ekip, Crybaby Clown'un intikamıyla mücadele etti ve çeşitli vatandaşları kaçırdığını keşfetti. 2. Baba Yaga'nın Laneti: Rus müze sergisinin canlanmasıyla Baba Yaga, Crystal Cove'un Haunted Forest of Doom'unda ekip için bir tehdit oluşturdu. 3. Dreamweaver'ın Kurnazlıkları: Bir dizi vatandaşın en değerli eşyalarını yok etmesiyle, Dreamweaver'ın onları bu eylemleri gerçekleştirmeye ikna ettiği ortaya çıktı. 4. Hodag'ın Hırsızlığı: Gene Shepherd'ın sahte Hodag'ı canlanıp hırsızlık yapmaya başlayınca, ekip onu durdurmaya çalıştı. 5. Junk'un Hayatı: Dünyaca ünlü sanatçı Randy Warsaw'ın "Junk" adlı eseri canlanıp Warsaw'ı yok etmeye çalışınca, ekip onu araştırmak zorunda kaldı. 6. Mezarlık Ghoul'u: Ekip, Crystal Cove Mezarlığı'nda Vincent Van Ghoul filmini izlerken, Mezarlik Ghoul'u tarafından saldırıya uğradı. Sezon, Nibiru'nun zamanı yaklaşırken ve ekibin dostluğu ile gerçekliğin kaderi tehlikedeyken sona erdi.