Polis Akademisi 6: Şehir Kuşatma Altında (Police Academy 6: City Under Siege) konusu, şehri kasıp kavuran ve esrarengiz bir lideri olan Wilson Heights çetesinin, kanunları ve kuralları hiçe sayarak şehrin altını üstüne getirmesi üzerine kuruludur. Çılgın polisler, her zaman olduğu gibi bu beladan şehri kurtaracaktır.