"Pokémon: İlk Film", Mewtwo adlı, Mew'in DNA'sından yaratılmış biyomühendislik ürünü bir Pokémon'un ortaya çıkışını anlatıyor. Filmde, Mewtwo laboratuvardan kaçtıktan sonra kendi üstünlüğünü kanıtlamaya çalışır ve bu amaçla dünyanın en yetenekli Pokémon eğitmenlerini bir savaşa davet eder. Hikayenin devamında, Mewtwo'nun dünyayı ele geçirme planları ve Ash'in bu planları engelleme çabaları işlenir.